東京都在住の方の管理栄養士免許、東京都の栄養士免許の各種申請手続きの窓口は、東京都庁です。保健所では手続きを行っていません。
管理栄養士や栄養士の資格取得や免許の取得について
管理栄養士国家試験について(厚生労働省ホームページ)