原則として毒物劇物でないものにしてから廃棄しなければなりません。 多くの毒物劇物について個別品目毎に具体的な廃棄方法が厚生省薬務局長通知で示されています。 毒物劇物を廃棄する場合は、その他の法令(水質汚濁防止法、廃棄物の処理及び清掃に関する法律など)の規定する基準にも同時に適合していなければなりません。
自己処理ができない場合は、有償で都道府県知事の認可を受けた廃棄物処理業者に委託することもできます。
自治体では収集及び回収はしていません。